De WBSO afdracht mag nooit hoger zijn dan het totaal aan ingehouden loonbelasting. Wanneer dit het geval is, dan zal de loonaangifte worden afgewezen. De afdracht is dus altijd de toegewezen beschikking per maand, maar maximaal de hoogte van de loonbelasting. Wanneer de beschikking hoger is dan de uiteindelijke aangifte, en de gehele beschikking nog niet teruggevraagd is, dan kun je het verschil in de opvolgende maanden terugvragen, mits je geen tweede WBSO beschikking ontvangt.